微流控液滴包裹终极指南:从新手到专家的全流程解析

微流控液滴包裹终极指南:从新手到专家的全流程解析

细胞/微生物上样浓度的计算

在实验过程中,我们可以通过细胞/微生物悬浮液的浓度,以及液滴的大小(决定所产生液滴的数量),计算出 λ 值,进而推算出液滴中 0、1 或多个细胞的分布情况。可借助在线工具快速计算出分布规律。

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同样的,我们也可以根据我们所期望的液滴中细胞的分布状态,选择合适的 λ 值,并根据我们需要生成液滴的大小(Vd,单个液滴体积/mL),计算出合适的细胞/微生物上样浓度(c,1mL 悬浮液中细胞/微生物的个数)。切记在计算时保持单位正确!

c =λ/Vd

在对细胞/微生物单包率要求相对宽松的的场景中(例如初筛过程),我们一般选择 λ 值为 0.3,可以在单包率和空包率之间形成较为平衡的取舍(图 2)。而在对细胞/微生物单包要求较为严格的场景中,我们一般选择 λ 值 ≤0.1,以确保较高的单包率,尽管这会导致空包率相应增加(图 3)。

图 2. λ=0.3 时 E.coli 在液滴内分布状态

注:当 λ=0.1 时,实际单包率为 8.57%(理论值 9.05%),多包率为 0%(理论值 0.47%);当 λ=0.3 时,实际单包率为 20.85%(理论值 22.2%),多包率为 4.12%(理论值 3.70%)。两者均与理论预测基本一致。

同时,在微生物包裹场景中,我们习惯用通过 OD600 来测算菌体浓度,因此我们也可以引入微生物的 σ1.0(OD600=1 时,1mL 微生物悬液中微生物的个数),从而得到更易测量的微生物的上样浓度(OD600)。

OD600=λ/(Vd*σ1.0)

接下来,用一个案例说明计算过程:

我们计划对一个大肠杆菌文库进行高通量液滴分选:我们选择生成 30μm 直径的液滴,同时为了提升单包率,选择 λ 为 0.1。经过公式 c =λ/Vd 计算可得大肠杆菌的上样浓度 c≈7*106 个/mL,按照大肠杆菌的 σ1.0=5*108个/mL 计算,上样浓度为 OD600≈0.014。另外一个角度,当我们希望单次大肠杆菌的筛选通量为一百万个时,OD600=0.014 的大肠杆菌菌液的上样量应不低于 143μL。

计算可得大肠杆菌的上样浓度 c≈7*106 个/mL,按照大肠杆菌的 σ1.0=5*108个/mL 计算,上样浓度为 OD600≈0.014。另外一个角度,当我们希望单次大肠杆菌的筛选通量为一百万个时,OD600=0.014 的大肠杆菌菌液的上样量应不低于 143μL。

达到理想包裹率目标的技巧

细胞/微生物悬浮液进行液滴包裹时,为实现预期的单包率,需重点关注以下两个方面:

1. 保持细胞/微生物良好的悬浮状态,控制沉降影响:

选择性能更强、操作更简单的液滴生成系统,提升液滴生成速度,从而减少细胞沉降的影响。

在液滴中加入一些增稠剂或密度梯度介质(如 PEG,Optiprep),在不影响生长或者预期反应的情况下,有效降低细胞沉降率。

2. 让液滴保持均一、稳定的状态:

如试剂中存在大颗粒杂质、聚团细胞等,建议使用合适孔径的微米级滤网进行过滤。

选择更稳定的液滴生成系统,生成液滴大小保持一致,以确保液滴生成过程中细胞分布均匀。

油相和/或水相中加入适当的表面活性剂,增加液滴的稳定性。

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微液滴包裹技术为单细胞和微生物研究提供了强大的工具,但其成功应用离不开对全流程的深入理解和优化。希望本文能为您提供实用的指导和启发,助您在科研道路上更进一步!

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